北京口腔医学研究所成立于1989年，其前身是1977年成立的龋病研究室。研究所以开展基础医学与临床医学研究为宗旨，以口腔常见病、多发病、疑难病为研究方向，谋求创新与发展。

目前，研究所为口腔医学一级学科博士点及博士后流动站的培养和研究基地、北京市口腔医学重点学科的研究基地。2002年被批准为国家教育部科学与技术高级人才培养基地，拥有全牙再生与口腔组织功能重建北京市重点实验室。主要研究方向有涎腺功能重建、牙齿发育及再生、口腔癌及癌前病变的发病机理和化学预防、口腔生物材料及生物力学、牙周病发病机制及防治、龋病的发病机制及防治、口腔遗传病致病基因及功能等。
近年来,在上级主管部门和院领导大力支持下，研究所科技力量不断增强，人才结构日趋合理。现有中国科学院院士1人，国家杰出青年科学基金获得者2人，国家“万人计划”科技创新领军人才2人，国家百万人才工程2人，科技部中青年科技领军人才2人，国家优秀青年基金获得者1人，卫生部突出贡献中青年专家2人，享受国务院特殊津贴专家4人。北京学者计划1 人，北京市突出贡献专家1人，北京市海聚工程人才2人，北京市科技新星4人。市医管中心“使命计划”1人，市医管中心“登峰计划”3人。以王松灵院士、白玉兴教授、范志朋教授、刘怡教授等为代表的学科带头人，发挥团队引领，在各自的学科领域建立起整体素质、学历层次、专业水平、知识结构、年龄结构等方面均衡发展的创新团队。
近5年，获批局级及以上科研项目177项，获资助经费5978万元。其中包括：国家杰出青年科学基金项目、国家自然科学基金重点项目、国家重点研发计划课题等。发表学术论文835篇，其中SCI收录学术论文293篇，包括EMBO Journal、Theranostics、Cellular and Molecular Life Sciences、Clinical & Translational Immunology、Cell Death & Disease、Free Radical Biology and Medicine等高影响力专业杂志。
研究所重视发展国际间的合作与交流，先后与美国国立卫生院、美国加州大学洛杉矶分校、美国北卡来罗那州中央大学癌症研究中心、美国密西根大学、丹麦奥胡斯大学牙学院、日本东京医科齿科大学等国际知名院校建立了良好的长期合作关系。同时，研究所还承担首都医科大学口腔医学院口腔基础医学多门课程的教学及研究生教学工作，以研促教，取得了较好成绩。
研究所全体员工将以“厚德博才，严精勤谨”的院训作为核心文化理念，不断开拓进取，为口腔医学事业的发展作出更大的贡献。